Em 7 de Agosto de 1565, o cardeal D. Henrique mandou aqui edificar um lazareto, para quarentena das tripulações vindas de locais atingidos pela peste.
O acontecimento mais marcante na sua história valeu ao Marquês de Pombal ser apelidado de «Nero da Trafaria» por Camilo Castelo Branco, em «Perfil do Marquês de Pombal»: a 24 de Janeiro de 1777, altura em que viviam na região cerca de cinco mil pessoas, o Marquês de Pombal ordenou a Pina Manique que levasse 300 soldados em faluas do Tejo e incendiasse a Trafaria, por esta albergar centenas de rapazes que fugiam da vida militar. Os que não morreram no incêndio foram obrigados a ingressar nas fileiras militares.
A povoação de Trafaria foi, entretanto, reconstruida.
Em 1873, estabeleceu-se na região uma fábrica de dinamite de um engenheiro francês, referido como Combemale. No decorrer do século XIX observou-se um maior desenvolvimento da localidade, com presença de algumas novas indústrias: duas fábricas de conservas de peixe e uma de produção de guano de peixe.
Nos finais do século XIX, a Trafaria começa a ser frequentada pela burguesia vinda da capital, durante o Verão. Desenvolveu-se um plano urbano e começaram a ser construidos prédios para alojar os veraneantes. Surge mesmo um casino. Em 1901, a rainha D. Amélia inaugurou na região a primeira colónia balnear do País.
De parte do território da Trafaria foi constituída, em 1949 (Decreto-Lei N.º 37301, de 12 de Fevereiro), a freguesia da Costa da Caparica.
Em 1985, a Trafaria foi elevada a vila pela lei 79/85, de 26 de Setembro.
Origem do nome
Frei João de Sousa afirma, em «Vestígios da Língua Arábica em Portugal», que a palavra provém do vocábulo árabe «Tarifa», que significa «cousa extrema, final ou última».
A. Baldaque da Silva defende que o nome tem origem num dizer dos pescadores de Setúbal, que costumavam ir pescar com tarrafa para a região e que carregavam o «r»: «Vamos à Tarrafa à ria».
David M. Lopes alega que o termo deriva da junção do elemento árabe «Traf» (ponto ou cabo) com o vocábulo latino «Arena» (areia), e da transformação fonética de «Trafarena».
